土木工程专业为国家特色专业建设点、江苏省首批品牌专业，2009年通过国家高等教育教学评估第3轮专业评估，并获得8年有效期资格，学历国际认可。设有土木工程博士后流动站，拥有土木工程一级博士学位授予权，岩土工程、结构工程、防灾减灾与防护工程、桥梁与隧道工程等四个二级学科博士及硕士学位授予权。岩土工程为国家重点学科，结构工程为江苏省重点学科。
土木工程为我校与法国里尔科技大学和杜埃矿业学院工程师项目中共同培养专业，在大二学生中选拔的优秀学生赴法国学习两年，完成法方规定课程后，颁发法国工程师学位证书。回河海大学进行一年半的硕士课程学习及论文研究工作，经审核达到培养要求者可颁发河海大学硕士毕业证书、硕士学位证书。
土木工程专业本科生分建筑工程、地下建筑与工程、桥梁工程、隧道与城市轨道工程四个专业方向进行培养。学生毕业后可在房屋建筑、地下建筑与工程、桥梁工程、隧道与城市轨道工程等土木工程领域从事设计、施工、管理、投资、房地产开发工作；在科研和教育等部门从事技术或管理工作。长期以来毕业生就业率达99%，读研率达40%以上。